Durante cinco anos em que esteve sem gravadora, Margareth resolveu criar seu próprio selo, a Estrela do Mar, que a partir de 2011 passa a atuar como produtora artística. Em 2001, sob a produção de Carlinhos Brown e Alê Siqueira, é lançado o álbum Afropopbrasileiro.
Ele conta com onze faixas, entre elas uma das principais canções da carreira de Margareth Menezes, Dandalunda, que fora composta por Brown e considerada a melhor música do carnaval de 2003, rendendo à cantora um Troféu Dodô e Osmar de Melhor Música e de Melhor Cantora do Carnaval Baiano.
Neste mesmo ano, a cantora participa do álbum dos Tribalistas, interpretando a canção Passe em Casa, de sua autoria em parceria com Marisa Monte, Carlinhos Brown e Arnaldo Antunes. Ao lado do bloco-afro Ilê Aiyê, participou do encerramento da VI Festival do Mercado Cultural da Bahia, apresentando Missa do Rosário dos Pretos.
Participou do documentário sobre o samba, Moro no Brasil, dirigido pelo cineasta finlandês Mika Kaurismaki.
Ainda em 2001, é publicado o livro Brazilian Popular Music & Globalization. Nele, os autores Charles Perrone e Christopher Dunn indicam que Margareth Menezes foi responsável pelo marketing internacional do estilo afro-baiano que, segundo outros autores, foi inovado pela cantora através da introdução de instrumentos africanos antes não utilizados.